El emblemático evento, uno de los más longevos en la historia de Río Negro, tuvo su primera edición en 1965, surgiendo de la idea de los directivos del club náutico La Ribera de repetir la hazaña que en 1933 lograron Oscar F. La Palma y Enrique Rietchart, vecinos de Viedma y Bariloche, respectivamente, al navegar las aguas de los ríos Limay y Negro, desde San Carlos de Bariloche hasta Viedma en un tiempo de 114 horas.
Así se decidió adaptar la competencia a un trayecto más corto, partiendo de Neuquén hasta nuevamente la capital rionegrina, dividiéndolo en 9 etapas. Fue así que la dupla de los neuquinos Oscar Focarazzo y Oscar Roza se quedó con la victoria, dando inicio a un extenso historial de ganadores en la Regata.
En aquella primera experiencia las canoas que se utilizaron eran de lona, con remos de 2.90 metros de largo y con el río sin marcar, por lo que los palistas ganadores invirtieron 42 horas desde la largada hasta la llegada a Viedma.
Dos años más tarde, en 1967, se disputó la segunda edición acortada a ocho días y seis etapas. Tanto en ese año como en el siguiente el triunfo se lo llevaron los viedmenses Jorge Gómez y Juan Destéfanis del club Náutico La Ribera, la institución organizadora del evento.
De 1969 a 1973 la victoria se la llevaron representantes del club Rowling y en 1974 y 1975 hicieron lo propio los palistas del club de Regatas La Marina, siendo ambas instituciones de Buenos Aires.
En 1976 se desarrolló la última edición antes de dar lugar a un período de suspensión del certamen a causa de la dictadura militar. En aquella oportunidad el título volvió a suelo rionegrino de la mano de la pareja de Roberto Scavo y Jorge Scalesi, nuevamente del náutico La Ribera.
Fue en 1985 que la Regata regresó al calendario deportivo de Río Negro y logró mantenerse en el mismo durante 10 años ininterrumpidos. En esta década Juan de la Cruz Labrín se convirtió en el máximo ganador grabando seis veces su nombre en la copa.
También resulta importante destacar el campeonato de la dupla Gustavo Cirillo y José Luis Marello del Náutico La Ribera en 1989, ya que ellos fueron además los dos primeros deportistas rionegrinos en dar el presente en los Juegos Olímpicos, hecho que sucedió el año anterior en Seúl.
En el cierre del milenio se da otro hecho importante en la historia del certamen con la primera victoria de Martín Mozzicafreddo junto a su hermano Armando en 1998 y con la de Néstor Pinta acompañado por Hugo Ortega en 1999.
Del 2000 en adelante sería la dupla Pinta-Mozzicafreddo la que se convertiría en la más ganadora de la Regata mostrando un importante dominio y alcanzando 14 coronaciones, seis de ellas de manera consecutiva y luego cinco de la misma manera, siendo interrumpidas en 2008 por Diego Payalef y Bruno Colos del Quimey Leuvú y en 2014 por Franco Balboa (El Biguá) y José Luis Guerrero (Quimey).
Cabe destacar que en 2001 fue Javier Correa, otro de los atletas olímpicos de la provincia, el primero en cruzar la meta acompañado por Abelardo Sztrum y que en 2017 la copa quedó por primera vez en manos europeas con Federico Vega Suárez de España y Jost Zakrajsek de Eslovenia.
Actualmente el título de campeones lo ostenta la joven dupla del maragato Damián Pinta y el viedmense Facundo Lucero que lograron coronarse tanto en 2021 como en 2022 y que pondrán en juego el mismo del 7 al 14 de enero con lo que será la 47° edición de la Regata Internacional del Río Negro, la cual escribirá un capítulo más de su larga historia.